La Corte Constitucional Federal es a la vez un órgano constitucional y una corte de justicia. Se compone de dos Salas, cada una de ocho magistrados y magistradas. Cada una de las Salas es presidida por el o la Presidenta y por el o la Vicepresidenta de la Corte respectivamente. Cada Sala tiene definida con precisión sus propias competencias, pero siempre decide como “Corte Constitucional Federal”. La competencia de las Salas la determina la Ley de la Corte Constitucional Federal y la decisión que adopte el Pleno, es decir, los dieciséis magistrados y magistradas conjuntamente. En raras ocasiones, el Pleno decide por sí mismo un caso, y ocurre particularmente cuando una Sala quiere apartarse de la interpretación jurídica de la otra Sala.
Como órgano constitucional, la Corte Constitucional Federal, a diferencia de las demás cortes y tribunales de Alemania, no está sujeta a la supervisión de un ministerio. Las decisiones organizativas fundamentales son adoptadas por el Pleno de la Corte. El proyecto de presupuesto, por un monto de hasta unos cuarenta millones de euros anuales, es elaborado por el Comité de Presupuesto y Personal nombrado por el Pleno de la Corte. El Presidente dirige la administración de la Corte y la representa en el exterior.
La Corte Constitucional Federal tiene una gran carga de trabajo. Cada año recibe más de cinco mil recursos de amparo. Para poder tramitar este elevado número de recursos, las dos Salas constituyen Secciones de tres miembros cada una. Esas Secciones deciden sobre asuntos relacionados con cuestiones constitucionales que ya han sido abordadas por la Corte Constitucional Federal, lo que ocurre en aproximadamente el 99% de los casos.
Cada uno de los magistrados y magistradas cuenta con el apoyo de cuatro letrados, que frecuentemente disponen de varios años de experiencia profesional, tanto en cortes y tribunales ordinarios, autoridades públicas, bufetes de abogados, como en universidades. Gestionar la elevada carga de trabajo de la Corte Constitucional Federal sería además inviable sin el apoyo de los funcionarios judiciales y administrativos, es decir, secretarios, secretarias, personal de la biblioteca y del departamento de informática. En total, unas 270 personas garantizan el cumplimiento de las tareas de la Corte Constitucional Federal.